1980年后,菲律宾政府将黄岩岛划在其200海里专属经济区内,但由于当时黄岩岛由驻菲美军实际控制,菲律宾并未提出主权要求。1992年美国从菲律宾撤军,1994年《联合国海洋法公约》有关专属经济区的法规颁布实施后,菲律宾政府以黄岩岛位于其200海里专属经济区内为理由,宣称对黄岩岛拥有海洋管辖权,后来又改为对黄岩岛拥有主权。
1997年,菲律宾多次出动军舰和军用飞机在黄岩岛及其附近海域对民间组织的无线电探险活动进行跟踪、监视和干扰。
1997年4月30日,菲律宾两位众议员搭乘海军舰艇登上黄岩岛,并在岛上竖旗立碑,对中国渔民进行拦堵和恫吓。
1998年1月起,中国海南省四艘渔船在两个月时间内,相继在黄岩岛海域被菲海军拦截,51位渔民遭到非法入境的指控,被菲拘押近半年时间。
1999年5月23日,中国一艘渔船在黄岩岛遭菲军舰追击并被撞沉,导致11名渔民落水。据报道,菲海军在追赶渔船时,曾使用机枪扫射。中国外交部发言人就此向菲提出严正抗议和交涉。
1999年6月,菲律宾教育部在新版地图中将黄岩岛,连同整个南沙群岛列入版图。8月,菲政府把“南沙群岛是菲律宾领土”列为修宪的内容,试图以法律的形式进行领土扩张。
1999年11月3日,菲海军一艘舰艇在黄岩岛巡逻时搁浅。菲宣称军舰是在参加救援时发生故障,经中国多次交涉后,仍不将船只拖走。
2000年,菲海军开枪射杀一名中国渔船船长。